確かにその可能性はあるので、ご心配な方は可能な限り無農薬のお米を選ぶことをおすすめします。
もし仮に農薬を使った玄米を食べたとしても、それ以上に玄米には排毒（デトックス）作用があり、余分な化学物質、農薬までも代謝して外に出してくれる力があります。
無農薬の白米か農薬を使った玄米かで考えた時、「ビタミン、ミネラル、食物繊維、酵素」を豊富に摂取できる玄米の方が総合的にはメリットは大きいでしょう。